黨委辦公室
黨委組織部
黨委統戰部
紀委辦公室
黨委宣傳部
黨委巡察辦公室
教師工作部
學生工作部
研究生工作部
保衛部
武裝部
機關黨委
工會
團委
校長辦公室
人事處
人才工作領導小組辦公室
發展規劃與學科建設處
計財處
審計處
教務處
科學技術處
學工處
招生就業處
研究生院
保衛處
國際交流合作處(港澳臺事務辦公室 )
離退休工作處
基建后勤處
實驗室與設備管理處(國有資產管理處)
玄武門校區管委會
信息化建設管理處
招投標辦公室
藥學院
中藥學院
生命科學與技術學院
國際醫藥商學院
理學院
工學院
基礎醫學與臨床藥學學院
藥物科學研究院
多靶標天然藥物全國重點實驗室
生物藥物學院
孟目的學院
現代制藥產業學院
外國語學院
馬克思主義學院
體育部
繼續教育學院
國際教育學院
圖書館
圖書與信息中心
期刊編輯部
后勤服務集團
藥大控股
文化藝術教育中心
心理發展中心
公共實驗平臺
國家藥物政策與醫藥產業經濟研究中心
杭州創新藥物研究院
重慶創新研究院
公共衛生與應急藥學研究院
醫藥大數據與人工智能研究院
原創藥物技術創新研究院
藥物代謝動力學重點實驗室
藥物質量與安全預警教育部重點實驗室
新藥篩選中心
江蘇省藥物分子設計與成藥性優化重點實驗室
江蘇省腫瘤發生與干預重點實驗室
南京開放實驗室
國家執業藥師發展研究中心
新藥研究中心
江蘇省代謝性疾病藥物重點實驗室
江蘇省生物藥物成藥研究重點實驗室